Niğde İl Sağlık Müdürlüğü, Niğde ilinde sağlık hizmetlerinin planlanması, yürütülmesi ve denetlenmesinden sorumlu kamu kurumudur. İl genelindeki devlet hastaneleri, ilçe hastaneleri, ağız ve diş sağlığı merkezleri ile entegre sağlık tesislerinin koordinasyonunu sağlar. Müdürlük bünyesinde Kamu Hastaneleri Hizmetleri Başkanlığı, Halk Sağlığı Hizmetleri Başkanlığı ve Sağlık Hizmetleri Başkanlığı gibi idari birimler yer alır. Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Bor Devlet Hastanesi, Bor Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Çiftlik İlçe Devlet Hastanesi, Altunhisar İlçe Devlet Hastanesi, Çamardı İlçe Devlet Hastanesi, Ulukışla İlçe Devlet Hastanesi ve Niğde Ağız ve Diş Sağlığı Merkezi müdürlüğe bağlı sağlık tesisleri arasında yer alır. Müdürlük, vatandaşların sağlık hizmetlerine erişimini kolaylaştırmak amacıyla Merkezi Hekim Randevu Sistemi (MHRS) ve Alo 182 hattı üzerinden randevu imkanı sunmaktadır. Ayrıca koruyucu sağlık hizmetleri, aşı programları, kanser taramaları ve anne-çocuk sağlığı gibi halk sağlığı alanında da aktif çalışmalar yürütmektedir. Niğde İl Sağlık Müdürlüğü, il genelinde sağlık altyapısının güçlendirilmesi, sağlık personelinin istihdamı ve tıbbi teknolojinin güncellenmesi konularında çalışmalarını sürdürmektedir. Kurum, şehir merkezinde Yenice Mahallesi'nde bulunan hizmet binasından faaliyetlerini yönetmektedir.